Il microbioma endometriale è costituito dall’insieme dei microrganismi (microbiota endometriale) che colonizzano il lume dell’endometrio senza comprometterlo.
Lo studio del microbioma endometriale favorisce il successo riproduttivo. Il delicato equilibrio tra le specie batteriche che colonizzano l'endometrio è un elemento importante durante l'impianto dell'embrione
La valutazione del microbioma endometriale rappresenta quindi un importante strumento di screening per l’identificazione delle cause dell'infertilità femminile: la cavità uterina non è una cavità sterile. I cambiamenti ormonali, principalmente estrogeni e progesterone, favoriscono la crescita di lattobacilli. Il microbioma del tratto genitale femminile (insieme di batteri presenti in esso) è dominato dalla presenza di questi batteri.
In condizioni normali, in donne sane in età riproduttiva, la specie colonizzante più presente è quindi il Lactobacillus. I Lactobacilli agiscono come probiotici in grado di inibire la crescita di batteri, virus e funghi patogeni, attraverso un abbassamento del pH mediato dalla produzione di acido lattico. In questi casi l'endometrio si definisce Lactobacillus dominated (LD) e contiene una percentuale di lattobacilli >90% (<10% altri batteri). In condizioni patologiche, la percentuale di lattobacilli diminuisce (<90%) e la percentuale di altri batteri aumenta (>10%). L'endometrio viene quindi definito non-Lactobacillus-dominated (NLD).
È stata riscontrata una correlazione tra esiti avversi nelle tecniche di riproduzione assistita e un microbiota endometriale povero in lattobacilli.
In presenza di disbiosi o batteri patogeni, il microbiota endometriale alterato può sfavorire l’impianto dell’embrione e quindi l’inizio della gravidanza. Infatti, donne che non riescono a concepire a causa di un’infertilità di tipo idiopatico sono spesso caratterizzate da un alterato microbiota endometriale, con un aumento di colonizzazione da parte di batteri anaerobi come Atopobium, Prevotella, Veillonella, Ureaplasma ed Escherichia. Anche la presenza di batteri patogeni (es. Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Mycoplasma, Ureaplasma, Enterobacteria (Escherichia, Klebsiella, Chlamydia e Neisseria), può essere causa di infezioni, fallimento dell’impianto embrionale o aborto. Al contrario, un equilibrio batterico conservato favorisce il successo riproduttivo e aumenta le chance di impianto dell’embrione.